Aunque no consta, es casi seguro que al encargarse del Archivo el licenciado Catalán estuviesen ya en él, además de los documentos reunidos en el archivo de Chancillería los que estuvieron en la Mota de Medina y los privilegios de hidalguía depositados en el Monasterio de San Benito de Valladolid; en cambio, sabemos que la documentación de Indias, que se ordenó remitir en 1544, no ingresó por entonces.
El periodo de la gestión del licenciado Antonio Catalán fue muy corto pero en cambio resultó muy movido, pues durante él se prodigaron las órdenes para la busca y recogida de documentos y las gestiones para su ejecución.
El príncipe D. Felipe como regente del reino, desde Valladolid, con fecha 25 de agosto de 1545, despachó tres nutridas series de cédulas: la primera, formada por las dirigidas al Presidente del Consejo Real, a los presidentes de las Chancillerías de Valladolid y Granada, al Gobernador y Alcaldes Mayores de Galicia, a los Contadores mayores de Hacienda y a los Contadores Mayores de Cuentas, ordenándoles remitir a Simancas todos los documentos que tuviesen en sus dependencias tocantes al “Patrimonio y Corona Real”.
La segunda, por las dirigidas a los corregidores de Toledo, Burgos, Granada, Guipúzcoa, León, Medina del Campo, Salamanca y al gobernador de Ocaña, encargándoles de realizar las oportunas gestiones para averiguar si en poder de las personas que en ella se indican, existen documentos de interés para la Corona.
La tercera, por las dirigidas a los herederos de D. Juan Manuel, doctor Puebla, y Francisco de Rojas, embajadores en tiempos de los Reyes Católicos; y a los herederos de los Secretarios Conchillos, Álvarez de Toledo, Almazán, Hernando de Zafra, Juan de Oviedo, Gaspar de Gricio, Quintana, Alonso de Ávila, Castañeda, Pedro Jiménez, Diego de Santander, Baracaldo, Ramiro Docampo, Juan Ramírez Lizarazo, y tesorero Zuazola, para que entreguen los documentos que tengan tocantes a la corona y al patrimonio real.
Los documentos recogidos por el licenciado Catalán no debieron estar en relación con el aparato desplegado para ella. Consta que recogió documentación de Contadurías y también de la casa del Cardenal Tavera, fallecido durante el periodo de su gestión. Catalán muere en Madrid el 17 de marzo de 1547.
Para sucederle fue nombrado, a petición del príncipe Felipe, a la sazón regente, el licenciado Diego Briviesca de Muñatones, alcalde de Casa y Corte. Su título de “guarda e tenedor del archivo de las escripturas tocantes a nuestra Corona e Patronato Real” fechado en Augusta el 11 de febrero de 1548, Briviesca se posesionó del cargo el 23 de mayo.
El príncipe propuso a Diego Briviesca llevado más por su afección a la persona que por la conveniencia del Archivo, ya que una semana antes de tomar posesión del cargo se había despachado una cédula nombrando a Graciano de Briviesca alcalde de la Chancillería de Valladolid hermano de Diego.
En efecto, Diego Briviesca acompañó al príncipe Felipe en su viaje a Italia, Alemania y Países Bajos y posteriormente en el que hizo a casarse con María Tudor. Antes del regreso de este viaje, había renunciado al cargo, pues con fecha 25 de agosto de 1559 se hace merced a su hija Luisa de Muñatones de los 100.000 maravedíes que tenía su padre como tenedor del Archivo. De los once años largos que Diego ocupa el cargo, solo reside en España tres y parece que durante ese trienio tampoco se preocupa gran cosa, pues consta que su hermano continuaba al frente del Archivo.
En el periodo de tenencia de los Briviesca, hay cierta vida en el Archivo: se reciben y despachan encargos, ingresan documentos, se inicia la costumbre de enviar directamente al mismo escrituras sueltas de excepcional interés, los contadores Diego Yáñez de Henao y Hernando Ortiz tratan de poner orden a la documentación de Contadurías reunida en Simancas, y probablemente en este periodo, ingresa la nutrida e interesante colección de documentos reunida por Francisco de los Cobos en su palacio de Valladolid, pues se inventaría en 1556 con esta finalidad, aunque no consta la fecha de su ingreso.
Los dos años que transcurren entre la renuncia de Diego y la toma de posesión del licenciado Sanci y de Diego de Ayala parecen haber sido de los más anormales en la vida del Archivo, pues no solo no hay un tenedor, sino que con motivo de la venta de la alcaldía de Simancas a D. Eugenio Ramírez de Peralta, desaparecen los tenientes de alcalde nombrados por la familia Cobos, que representaban una tradición, para dar paso a las fugaces tenencias de Gonzalo de la Puente, Tomás Jordán, Diego Jordán y Juan Bretón, cuyo nombramiento es de 29 de mayo de 1560.
Afortunadamente el 29 de agosto de 1559 regresa Felipe II a España y con un sentido de responsabilidad que le han dado los años y el ejercicio de la realeza, trata de atajar los males que amenazaban la vida del incipiente Archivo.
Para remediar este mal sin abandonar la valoración jurídica de los documentos, decidió el Rey nombrar dos personas: “una que tenga práctica y experiencia de scripturas y negocios” y otra “de letras”, exigiendo además que estén desocupadas de otros negocios” y que residan en Simancas. El traslado de la corte a Madrid (1561) favoreció la reforma ya que hacía imposible en la práctica la teórica compatibilidad de funciones.
Las personas nombradas para estos cargos fueron el Licenciado Sanci, Relator del Consejo Real, como letrado y Diego de Ayala, oficial de la Secretaria de Gonzalo Pérez y antes de las de Juan Vázquez de Molina y Francisco de los Cobos, como experimentado en “scripturas y negocios”. Sus títulos se despachan en Toledo el 19 de mayo de 1561, y aunque juran el cargo el 21 de dicho mes, parece que no toman posesión del Archivo hasta el 27 de septiembre, fecha en que firman un testimonio de recepción de las llaves que les entrega el Presidente de la Chancillería.
En septiembre de 1561, son tres las personas que tienen a su cargo el Archivo, pues a los dos citados se unía el teniente de alcalde de la fortaleza, que era Tomás Bretón; pero pronto quedará solo Diego de Ayala.
El licenciado Sanci, oriundo de Ávila, entró con mal pie en Simancas. A poco de llegar, murió un sobrino que trajo en su compañía y el 11 de agosto de 1562 a los dos años escasos de ejercer el cargo, falleció él.
Al teniente de alcalde, alegando no ser necesario, puesto que había dos personas para servicio del Archivo, y que la alcaldía de Simancas se había vendido a Ramírez de Peralta sin valorar los 40.000 maravedíes que cobraba por su intervención en el Archivo, se le quitó la llave de éste, y la gratificación que por ello tenía, por cédula de 29 de septiembre de 1563.
Como la vacante dejada por el licenciado Sanci no se proyectó, desde noviembre de 1563 el Archivo queda bajo la única y eficiente dirección de Diego de Ayala.
Archivo General de Simancas. Guía del investigador. Ministerio de Cultura 1986